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通常极性较大分子适用中极性树脂上分离，极性小的分子适用非极性树脂上分离；体积较大化合物选择较大孔径树脂；上样液中加入适量无机盐可以增大树脂吸附量；酸性化合物在酸性液中易于吸附，碱性化合物在碱性液中易于吸附，中性化合物在中性液中吸附；一般上样液浓度越低越利于吸附；对于滴速的选择，则应树脂可以与上样液充分接触吸附为佳。影响解吸条件的因素有洗脱剂的种类、浓度、pH值、流速等。洗脱剂可用甲醇、乙醇、丙酮、乙酸乙酯等，应根据不同物制裁在树脂上吸附力的强弱，选择不同的洗脱剂和不同的洗脱剂浓度进行洗脱；通过改变洗脱剂的pH 值可使吸附物改变分子形态，易于洗脱下来； 洗脱流速一般控制在0. 5 ～5mL/ min。
非极性大孔吸附树脂是由偶极矩很小的单体聚合制得的不带任何功能基，孔表的疏水性较强，可通过与小分子内的疏水部分的作用吸附溶液中的有机物，适于由极性溶剂(如水)中吸附非极性物质，也称为芳香族吸附剂，例如苯乙烯、二乙烯苯聚合物。
中等极性大孔吸附树脂是含酯基的吸附树脂，以多功能团的甲基丙烯酸酯作为交联剂。其表面兼有疏水和亲水两部分。既可由极性溶剂中吸附非极性物质，又可由非极性溶剂中吸附极性物质，也称为脂肪族吸附剂，例如聚丙烯酸醋型聚合物。
在运用大孔吸附树脂进行分离精制工艺时，其大致操作步骤为：大孔吸附树脂预处理——树脂上柱——药液上柱——大孔吸附树脂的解吸——大孔吸附树脂的清洗、再生。由于每一个操作单元都会影响到大孔吸附树脂的分离效果，因此对大孔吸附树脂的精制工艺和分离技术的要求就相对较高。
大孔吸附树脂是否失效，主要以所吸附物质来确定。如果判断单周期运行终点，则可以根据所吸附底物性质来定，具体可以通过测定PH、电导率、折光、色谱等方法测定。一旦出口有少量底物泄露，说明部分树脂已经失效，此时可根据实验目的判断是否继续运行，若出口几乎已经与入口一致，则树脂基本上已经完全失效。
在现有的吸附树脂中，大多数为非极性或弱极性。如果在储存过程中失去了其内部水份，其使用性能将大打折扣。判断吸附树脂是否失水，主要看其是否大量漂浮在水面上。如果树脂失去了部份或全部水份，则要用极性有机溶剂如甲醇、乙醇或丙酮等浸泡数小时。然后将极性溶剂用水洗去，树脂即可使用。
